Dzięki wprowadzeniu nowoczesnych metod terapii osiągnięto znaczącą poprawę w leczeniu nowotworów. Wyraźny jest wzrost wyleczeń ostrych białaczek limfoblastycznych i nieziarniczych chłoniaków złośliwych – z zerowej do 80-procentowej skuteczności.

W ziarnicy złośliwej skuteczność sięga 98 proc. Wprowadzono nowe metody leczenia niedokrwistości aplastycznych, przewlekłych małopłytkowości
o immunologicznym podłożu oraz zespołów niedoboru odporności. Obejmując opieką wszystkie dzieci z hemofilią na terenie Dolnego Śląska stworzono podstawy organizacyjne dla kompleksowego leczenia i rehabilitacji dzieci
z wrodzonymi skazami krwotocznymi. We wrześniu 1989 roku Klinika przeniosła się do wyremontowanego budynku przy ul. Bujwida 44 we Wrocławiu, w którym przed wojną mieściła się Królewska Klinika Neurologiczna. Jej kierownikiem był Alois Alzheimer.

W 1994 roku otwarty został 3 stanowiskowy, zbudowany i wyposażony przez Fundację „Na Ratunek Dzieciom z Chorobą Nowotworową” oraz szwajcarską Fundację GIGAX, oddział transplantacji szpiku kostnego. Dzięki Fundacji Jolanty Kwaśniewskiej „Porozumienie bez barier” w roku 1999 Oddział powiększono o kolejne
3 stanowiska. W 2000 roku dzięki Fundacji „Polsat Dzieciom” Małgorzaty Żak Oddział powiększył się o kolejne
6 stanowisk.

W 1994 roku powstał w Klinice trzyłóżkowy Oddział Transplantacji Szpiku (Prof. E. Gorczyńska, Dr J.Toporski). Do Zespołu w 1995 roku dołączył Prof. K. Kałwak. W latach 1999-2000 Oddział powiększył się o kolejne 9 stanowisk, stając się największym oddziałem pediatrycznym w kraju i jednym z większych w Europie (wykonującym do 79 transplantacji rocznie). W 1999 roku wykonano tu pierwszy w Polsce zakończony sukcesem przeszczep haploidentyczny u dziecka z wrodzonym niedoborem odporności SCID po selekcji pozytywnej komórek CD34+ (CliniMACS). W roku 2000 przeprowadzono pierwszy w Polsce przeszczep od dawcy niespokrewnionego.